تقوم الشعبة المالية بتنظيم حسابات صندوق التعليم العالي أولا والتي تتضمن تسلم إيرادات الاستثمار المباشر وايراد مساهمة الطلبة في الصيانة والايرادات العرضية  ثم توزيعها حسب التعليمات والنسب المقروءة على أبواب متعددة وكذلك تنظيم مستندات قيد وصرف من المحاسب لابواب الصرف كافة منها لجان الصيانة و المشتريات و ترحيلها الى السجلات  والترصيد في نهاية كل شهر.

ومن الفقرات المهمة في الشعبة المالية تنظيم رواتب منسوبي المعهد وكل مايتعلق بها والطبع للكتب الواردة والصادرة كافة الخاصة بالشعبة